因應業結構變化與社會脈動，東吳大學以「強化學院系專業領域之優勢，培育產業人才」為第三期卓越計畫中心主軸。運用歷年執行計畫累積的績優成果以及前瞻性思維，提出「以學生為主體」之六大主軸計畫及一總計畫，藉由強化各計畫間的縱橫鏈結，協助學生自入學至畢業各階段均能獲得良性支持並有效銜接。另依據內、外部回饋，適時調整組織、課程規劃與教學策略，進行全面性評估與整頓，以協助教師持續追求學研創新，學生具備就業競爭力及全球國際觀，得於各領域「盡其才、展其長」，建立本校優質聲譽品牌，於產學鏈結世代中，共創三贏局面。
102-103年東吳教學卓越計畫之六個主軸計畫及總計畫如下：
主軸計畫A：強化學校教育與產業聯結
主軸計畫B：深耕五育全人教育之素養
主軸計畫C：強化學生全球移動能力
主軸計畫D：生涯360° 引導學生發展促進
主軸計畫E：全面提升教學與學習成效
主軸計畫F：整合行動學習之先導環境