依據東吳大學辦學理念與發展願景，長期以來戮力規劃培育有創意、有視野、能與國際接軌的社會中堅人才，並朝向建設精緻、充實、優質且具前瞻性的一流「教學大學」目標邁進。秉持東吳大學辦學宗旨，並為達成上述發展目標，本校在既有之教學成果及規劃架構上，成立「94-97年度提升教學卓越計畫委員會」，擬定「東吳大學提升教學卓越計畫書」，由校長、副校長分任總召集人及副總召集人，依改進教學功能為目標，擬定發展計畫，各設召集人積極推動。委員會成員包括校內一級主管及學系教師共同參與規劃，全校一、二級單位全力投入支持配合，充分展現學校對「提升教學卓越計畫」的重視與決心。
94年度本校榮獲獎勵大學教學卓越計畫之第一名，計畫主軸分為七大項，分別是：(A)提升教師教學成效，(B)加強學生學習動機，(C)改進通識課程與資訊教學，(D)提升學生語文程度，(E)整合資源設立教學資源中心，(F)加強學生社區志工服務學習，及(G)加強環境教學與提升國際交流。由於執行時間僅有半年，本校在執行計畫時，採取兩種方式；一方面由上而下著重教學的基礎建設，另一方面強調由下而上，廣徵各學系師生的參與，提出創新的教學計畫(如小班實驗、創意課程、國際交流、服務學習等)，加上嚴謹的管考制度，配合東吳「教學卓越網」的線上計畫申請及考核系統，故能在短短6個月內，完成計畫書中絕大多數的發展目標，收到相當好的成效，也廣受師生的認同。
95年教學卓越計畫的提出，除延續94年的七大計畫繼續施行外，特別加強對特定學門和重點學科之教學提升，提出跨校之大型計畫案，如「哲學教學與研究中心」，並鼓勵全校進行跨領域、跨學院、及跨學系之整合型教學計畫。由於本校教學卓越計畫是四年期規畫(94年至97年)，故各大計畫中多數皆有連續性。95年度共計提出八大計劃，百餘件子計劃。
本校管考小組並對新計畫做嚴格審查，尤其在經費使用的合理性、計畫內容的可行性、提升教學成效的適當性，都嚴謹的把關，避免浮濫。另對舊計畫的考核，除遵循上述之基本原則外，也會考量計畫主持人的團隊帶領能力，及94年計畫執行的成效，作為繼續執行計畫的指標。