本校高等教育深耕計畫第二階段將持續以教學創新與學生學習成效為改革核心，並以本校校務發展計畫「全人化」、「全視化」、「全球化」三化共振為核心基石，在第一階段六大主軸下，延伸第二階段各主軸策略行動方案，落實教學創新及提升教學品質、發展學校特色、提升高教公共性、善盡社會責任之目標。並於110年度起將其計畫整體架構，接軌聯合國推動永續發展目標(Sustainable Development Goals, 簡稱SDGs)，作為本計畫發展方針。目的在確實將各項子計畫內容及關鍵績效指標(KPI)，與其永續發展目標(SDGs)進行對應，藉此盤點本校最適發展重點項目，亦建立更為清晰的學校整體永續發展目標。
第二階段本校所提出的「東吳大學共振協力模式」中，包含三方的多元利害關係人，學校與行政、教師與學生以及社區、社會與國家三方，彼此間具倆倆互動關係，立基於三方關係人與倆倆互動關係來實踐教與學公共價值。所謂教與學的公共價值意指校園不僅只於教與學的實際行為，更重視在這多元互動關係行為下對公共性（publicness）的產製，即對校內做到資訊透明化的公開原則，實踐實質的公民參與，對外，也希冀做到服膺公共課責的要求，同時，與外在環境保持一動態平衡，尋求多元利害關係人間的目標整合，在校內發展教學創新與學生學習成效提升之際，也能顧及在地社區的實質需求與所需之協助，共創雙贏的教學場域。
以下以高教深耕四大政策目標及其所涵蓋的主軸與行動方案略述如下：
一、 落實教學創新及提升教學品質
該面向以提升學習成效、強化專業實務能力、精進教學支援系統、改善教學品質、提高自主及跨領域學習能力、培養學生具備程式語言與創新創業能力、基礎中英文能力及體適能養成等為目標。包括主軸A「深耕學院優勢，培養趨勢π型人才」、主軸B「倡導創新創業，強化學生跨域優勢」及主軸C「落實創新教學，厚植學生基礎能力」。以本校六大學院之發展計畫為核心，著重學生創意創新與跨領域能力的培養，並強化人工智慧、巨量資料、區塊鏈及地方創生等重點人才培育，延伸教學場域，鼓勵學生走進社區，達到理論與實務鏈結的教學公共價值的體現。
二、 發展學校特色
該面向對應第二階段的主軸D「師生國際參與，延伸世界學習舞台」，除持續鼓勵師生產學研、國際延展與學生職涯發展外，更強化「第二專長跨域學習計畫」，秉持理念為不於短時間內勉強孩子找出專長，而是致力於讓孩子保持對學習的好奇心與熱忱，因此本校提供更多跨域學習的機會與支持，相信孩子會從中找出自我天賦、看見自己發光的時刻。並憑藉著孩子們對教與學的熱情，帶領孩子走出校園、走出國界，除完善相關制度塑造校園國際化環境，進一步透過本土在地的教學與課程實踐個案，推廣本校與在地社區的成功協力經驗至國際場域，將本校教與學的公共價值實踐從「在地化」(localization)延伸至「國際化」(internationalization)。
三、 提升高教公共性
該面向對應第二階段的主軸E「深化校務發展，提升高教公共政策」，該面向主要講求校務資訊透明化與提升經濟與文化條件不利學生之權益。資訊透明化分別從校務研究文化與辦學資訊公開加以落實，藉由校務資訊的公開分享，不僅提供教職員生相關校務資訊，並希冀在資訊提供的基礎上能進一步做到諮商與決策制定，落實教職員生在校務決策的實質參與，並建立「東吳大學公開資料平台」開放校務資料，供教職員進行相關校務研究，以回饋校務決策制定所用。再者，針對經濟與文化條件不利的學生，本校也提供相關補助措施，如補助入學招生考試相關費用、學習輔導機制、職涯發展及赴外研習助學金、服務學習助學金、證照考照補助等，並加強原民生相關輔導及協助，以追求校園多元文化涵容性（inclusion）。
四、 善盡社會責任
該面向對應第二階段的主軸F「實踐社會責任，建構在地夥伴關係」，以「八芝蘭社會責任及地方創生推動辦公室」作為育成本校社會責任實踐與地方創生之基石，並透過校務分析調查研究（survey research），以問卷與電訪方式進行外部民眾及校內師生之認知調查，瞭解校內外師生與在地社區對於彼此的互動認知與需求，並透過質化訪談蒐集標竿學校之建議，希冀建構出東吳大學社會責任發展之藍圖與策略，並進而擬定相關之制度與配套措施，藉以反饋回本校長期推動社會責任實踐決策之基礎。並在推動辦公室的運作下，除持續支援校內研究團隊申請教育部社會責任實踐計畫外，也對校內徵件補助種子型計畫的申請，建立本校與社區共同營造協力生態體系，實踐大學社會責任暨教與學公共性價值的體現。