(一) 整體推動架構與目標
自2018年迄今，台灣高等教育已從教學卓越轉型進入高教深根化階段，此階段將教學創新與學生學習成效視為改革核心，而本校認為此變革的落實體現在「教與學公共價值」的實踐。公共價值的體現在本校校務發展計劃的願景可一虧堂奧，校務發展計畫以全人化、全視化與全球化的三化共振作為體現公共價值的核心導引，第二階段深耕計畫也將據此發展各項主軸與主軸內的核心策略。
所謂教與學公共價值並不僅止於教學的品質或效率問題，也包括過程中對「公共性」的產製。面對校務治理的公共課責，高校被賦予更應鑲嵌(engage)於社區公共議題的期望。在校務發展的核心願景與公共課責的價值導引下，第二階段為適應複雜變遷環境，將採有機體概念與外在環境保持動態平衡關係，提出「東吳大學共振協力模式」，尋求多元利害關係人間的目標整合，在發展教學創新與學生學習下，亦達到解決在地公共問題的期望。
在此模式中將教職員生從新定義為「校務政策的形塑及參與者」。校務政策的規劃與設計，不該只是狹隘地強調效率或效能，亦應包括能否促成更普遍、更有意義的參與。校務治理應思考如何在政策制定過程中，透過參與機制廣納意見，使校務政策更具「合法性」及「回應性」，以建立「東吳強健的校務民主治理」。
基此，第二階段政策目標即是在回應東吳大學教與學公共價值的體現，透過三方角色互動共構，發展對應主軸策略以達成此願景。
(二) 雙向互動形塑公共價值策略
協力模式計有學校與行政、教師與學生，以及社區及社會三方，此三方形成兩兩雙向互動關係。
1. 公共偏好的投入與公民關係管理的產出_學校與行政-教師與學生
三化公共價值的體現有賴於學校與行政端持續蒐集有關教師與學生端公共偏好(public preference)，藉以不斷在動態複雜變遷環境中重新界定公共價值的圖像，以修正各主軸面向的具體行動方案。此互動關係主要策略將是學校與行政端如何獲取教職員生的實際需求，並據以提供對應的教學與提升學習成效的資源與制度運作。前者資訊的蒐集包括教師課堂反映問卷、新進教師訪談、教學實踐研究、教師社群與產學研相關資訊；另也持續蒐集學生相關資料，如課堂反映調查、學生學習成效調查、畢業生流向調查與UCAN施測等，藉從學生端所蒐集到的主觀資料，勾勒學生在校學習的完整圖像，進而有助於學校與行政端能提供符合學生所需要的學習資源與服務。
2. 資訊暨人力投入與場域對教學增值的提供_教師與學生-社區及社會
本校將更積極投入社會責任實踐育成，透過師生參與在地場域實踐服務，院系提供專業學科知識與人力資本，協助在地界定問題，並從跨領域研究團隊協作下形塑問題解決方案，過程中雙方構築對等的協力夥伴關係，不僅提供教師生實踐專業知識與學術研究之場域，同時增值本校專業與人力資源價值；並讓場域在大學協助下解決所存在的公共問題，創造雙贏互動局面，以及提供本校師生更多課程與學研規劃的選擇。
3. USR Hub投入與社區增值校務課責性_學校與行政-社區及社會
USR在學校與行政及社區與社會間，主要是學校校務行政系統如何協助師生架構起與社區間的連結機制，並適時引入在地居民進入校務體制。第二階段深耕計畫，主要透過引入社區民眾的角色，進入學校社會責任實踐育成機制，以期聯繫學校與在地社區間的社會互動關係。同時，透過引入將更能令在地民眾了解本校的特質與辦學現況，並且在過程中，進一步做到社會責任實踐的賦能（empowerment）價值。
4. 以IR的循證基礎作為三方互動關係基石
參與階梯OECD (2001)曾強調，政府與民眾應以「夥伴」(partnership)關係為基礎，將民眾鑲嵌於政策制定過程，此有助決策更具品質，也可提升政府信任感，增加政策可接受度。同理，似可將學校視為一政府決策體系，如何令校務決策能更貼近教職員生需要，唯有將其納入決策過程中始能為之。學校的目標是促進夥伴關係的發展，提供教職員生與社區更多參與的權力。而本校認為，校務研究之應用正好能滿足政策制定過程雙向互動關係的要求，為民主的校務治理變革扮演提高參與的有力工具。
在校務資料分析的推動下將以教職員生為中心，打破以往資訊單向提供的架構，強調權力分散與協力創造，重視雙向甚至多向對話平台。依公民參與理論，校務資料分析未提倡前校務資訊媒介架構是單向傳遞的，資訊產出者與資訊接受者的角色明顯區分，即校方使用單向傳遞訊息給民眾；而在前一階段校務資料分析推動下，下一階段希冀能做到更進一步的參與，亦即教職員生可扮演政策資訊輸入者的積極角色，與校務政策制定者對話或提供校務決策諮詢。因此，在下一階段深耕執行期間，校務資料分析中心將扮演積極的資訊公開與促進諮商的角色，藉以作為上述三方角色互動對話的支援角色。